A3方案被认为最合理
提到深中通道，不能不提到两个建设方案：A3方案和A4方案。
“跨海通道一般有‘全桥、东桥西隧、东隧西桥、长遂（包括双隧）’等主要形式，深中通道项目前期办组织专家拟定了六个方案。其中，A3东隧西桥方案经权威机构和专家多方论证后，被认为是最合理、最便捷的。”中山市委常委、常务副市长谢中凡介绍说。
深圳市交委发展计划处处长李永明解释，A3东隧西桥方案全长约24公里，其中，跨海长度22.365公里，马鞍岛陆域段长度1.64公里，采用双向八车道高速公路技术标准，设计速度100公里/小时，估算投资总额约351亿元。
根据A3方案，项目起于深圳市宝安区广深沿江高速公路机场互通立交，通过广深沿江高速支线，东与机荷高速公路对接，向西则跨越珠江口，在中山市马鞍岛登陆，终于横门互通，与规划的中开、中山东部外环高速对接，在深圳、中山及南沙登陆。深中通道北距虎门大桥约30公里，南距港珠澳大桥约35公里。
半路杀出A4方案
然而在项目的进一步论证阶段，广州提出异议，认为南沙的发展可能会受到A3“东隧西桥”方案的制约。据李永明介绍，广州方面一是担心在伶仃航道建设桥梁，随着船舶大型化发展，桥梁限高将制约广州港发展；二是担心在伶仃洋建设桥梁将影响航道稳定和通航安全。因此，广州提出了A4建设方案，即深中通道全部采取海底隧道的建设方式。
“与A3方案相比，A4方案建设周期更长，建设难度也更大，全世界还没有哪个国家建设过24公里的海底隧道。”李永明介绍说。为此，深中通道项目前期办就A3方案对航道的影响开展了一系列专题研究。深圳市交委委托我国最权威的港口水运规划研究机构——交通部规划研究院开展了《珠江口通航船舶大型化及船舶尺度发展趋势研究》。
研究结论预测，集装箱大型化的趋势仍将持续一段时间，但并非没有限制地发展，它必须能适应国际主要贸易航线和世界各大贸易港口的适航条件，否则没有哪个船公司愿意建造只能停靠某一个港口的大型船舶。“即使未来30～50年内出现3万标准箱的集装箱船，其总高在77～79米，扣除吃水，船舶水面以上高度约为60～62米。而深中通道里所涉及的伶仃西航道，其规划为30万吨级油轮和20万吨级集装箱船双向通航，兼顾22万吨级邮轮及10万吨级航母。该航道桥梁净空尺度为76米，为世界桥梁之最，完全能够适应未来世界集装箱船舶大型化需求。”
深圳市交委副主任于宝明认为，船舶不可能无限制地大型化发展，今后船舶应该是更宽而不是更高，因此，伶仃航道建设桥梁限高不会对广州港造成制约。
与深圳、中山、东莞等深中通道沿线城市一致支持A3方案的态度相比，广州市则坚持认为A4方案更优。省政府决定，将A3方案确定为优先方案，A4方案作为候选方案。
目前，省内关于A3、A4方案之争并未有一个明确的定论，这在客观上影响了项目上报国家发改委的进度，也就延误了原定于2015年底开工的计划。
今年7月29日，省政府刚刚批复同意省交通运输厅上报的深中通道投资比例及组织管理方案，但并未就深中通道项目采取A3建设方案还是A4建设方案正式“拍板”，也未正式上报国家发改委批复。