【问题】 7000余万专项资金闲置长达5年
审计发现，2008年～2012年，市水务发展专项资金项目共有23个取消，7个暂停，占用资金计划7485万元，造成资金闲置；由于该专项资金成立以来对项目决算审计程序一直未明确，专项资金年度计划和单个项目均未进行决算，审计抽查的302个已结算项目共节约投资7453万元，占计划投资的18%，但资金沉淀没有安排使用。
与此同时，审计发现2012年底有70个水务工程项目受预算规模约束未能安排，计划投资总额1.26亿元。2010年至2013年6月，各区（新区）城管局及内伶仃洋保护区管理局共结余林业资源保护及管理专项资金4241万元，占资金总量的21%，部分资金仍滞留于区财政部门账户，影响资金使用效益。
【整改措施】2015年底前完成决算盘活资金
市水务局表示，将建立年度计划调整机制，对因故取消或减少投资的项目及时申报调整计划，并启动水务发展专项资金项目的财务决算工作，对2012 年前已结算未决算的项目开展决算工作，2015年底前全部完成项目决算，盘活沉淀资金。所有项目，只有具备了建设条件的证明，才下达资金计划，坚决杜绝项目前期的资金浪费。
【问题】 7座余泥渣土受纳场威胁饮用水源地
审计发现，2010年至2012年，我市全年城市供水量约20亿立方米，水库应急储备库容1.7亿立方米，总体水源应急时间约1个月，低于《深圳市应急备用水源保障规划》提出的3个月用水目标。同时，部分水库饮用水源保护区存在污染隐患。如，西丽水库等部分水库因历史遗留问题，一级水源保护区未移交土地，水库未实现全面封闭式管理；全市正在建设或规划建设的12座余泥渣土受纳场中，有7座对水库饮用水源地有影响。
【整改措施】已有1座垃圾受纳场搬出水源保护区
市水务局表示，坪山新区金龟受纳场已调出赤坳水库水源保护区，宝安区余泥渣土场即将调减面积，已报市政府征求意见。市水务局将加强一级水源保护区土地移交和隔离围网工作，敦促各区加快推进转地移交工作，采取移交一片、封闭一片的模式，逐步实现一级水源保护区全面封闭式管理的目标。同时，加强雨污分流和旱季截污工作，杜绝污水排入雨水管网。参照已建成的石岩河截污工程和正在建设的铁岗水库入库小流域河口治理工程等，计划逐步在全市有条件饮用水源开展旱季截污工程。
【问题】 新能源大巴成本高亏损多
审计发现，目前新能源公交大巴售价高，公交企业对价格没有谈判权，缺乏市场竞争机制。经测算，扣减国家财政补贴、市财政直接支付给车辆生产厂家的配套补贴以及纯电动车动力电池价格后，公交企业购置纯电动大巴、混合动力大巴需支付的价格仍比类似规格的传统燃油大巴高。
由于纯电动大巴出勤率低、每个工作日行驶里程少，三家公交企业新能源汽车较传统燃油汽车亏损较大。
【整改措施】实施定额包干 超额激励补贴方式
市发改委表示，将对新能源公交车实施定额包干超额激励补贴方式，创新新能源公交车应用激励机制，按照新能源公交车利润率高于传统燃油车利润率1%～2%的标准，确定新能源公交车补贴标准。同时设立考核激励机制，将补贴额度与运行里程挂钩，通过给予适当超额补贴，鼓励公交企业管好、用好新能源公交车。目前，相关激励机制已设计完成。
此外，市发改委将督促公交企业加强新能源公交线路管理水平，根据新能源公交车技术特点和充电设施布局情况，优先选择充电设施完备、线路长度适中、道路坡度平缓的线路合理安排纯电动大巴，加强车辆调度管理和充电组织，更好地发挥新能源公交车的优势。