在北京北站进行封闭施工的同时，作为京张高铁配合工程的清华园隧道也将同步开始建设，未来四道口和五道口等平交道口也将不复存在。

清华园隧道全长5330m，位于北京市海淀区。根据京张高铁的规划，高铁列车在通过清华园隧道时，将从学院南路北侧入地，依次下穿北三环路、知春路、北四环路、成府路、双清路、清华东路等地后钻出地面。清华园隧道穿越了北京市多个主要道路，是目前国内位于城市核心区，穿越地层最复杂的铁路隧道。

清华园站房将作为历史遗迹保留

在清华园隧道施工的同时，清华园站的铁轨也将同步拆除，未来京张高铁列车将不会通过清华园站，但是站房将作为历史遗迹保留下来。清华园车站原址位于现在的清华南门外，上世纪50年代初，因为清华要扩建校园，于是老车站向东南迁移到了现在的位置。清华园站最辉煌的时候曾经是北京的八大货场之一。