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补齐短板 来日方长
尽管成就斐然，但海淀、张江、南山仍有各自的短板。
作为后起之秀，南山企业创新能力强、市场活力足的特点最鲜明，短板也最突出：没有知名大学，没有科研院所，创新后劲受到限制。
“华为正在本行业逐步攻入无人区，处在无人领航、无既定规则、无人跟随的困境。”今年5月华为总裁任正非在全国科技创新大会上发言说，“华为找不到方向，华为已前进在迷航中。”出现这一问题的原因在于华为的基础理论研究能力不足。
为了破解这一问题，深圳采取与国内外知名大学合办特色学院等办法，计划10年后高校数量比现在增加一倍，达到20所左右，在校生约20万人。如今，南山正在建设深圳国际大学园，推动清华－伯克利深圳学院、天津大学－佐治亚等特色学院和科研机构落地发展。
对于张江而言，园区企业的自主创新能力和核心竞争力远远不足，产业发展能级和水平与海淀中关村相比还有很大差距。
“我们一直在考虑‘为何出不了马云’的问题。”杨晔说。
张江和海淀中关村的差距在哪里？杨晔作了一些比较和梳理：
——海淀中关村是基于计算机和互联网产业的“快创新”，产值爆发较快；张江则是“渐进式创新”，生物医药、集成电路等产业周期长、投入高，短期内难以实现重大突破。
——张江主要通过通用、惠普、罗氏、诺华等外资研究中心，以“外生带动内生创新”，而海淀中关村“内生创新”的特点明显。
——海淀中关村“协同创新”能力强，但张江由于外资研发机构对核心技术和与本土企业技术合作控制较严，技术溢出效应较弱。
——在科技金融方面，海淀中关村坚持“市场主导型”，张江则是“政府推动型”，创新创业的活力激发不够。
“如今在上海建设全球科创中心的东风下，张江要建设综合性国家科学中心。”杨晔说。
海淀中关村则是全能型选手，科研能力、产业化水平、金融支持等创新的各项指标都很出色。多位投资人认为，从全球来看，北京已经和美国硅谷形成了动态的对话机制，对创新项目、创新领域的敏感度已不相上下。
“硅谷原始创新多，我们追随式创新多。”清控科创股份有限公司总裁程方说，硅谷拥有苹果、谷歌、思科、惠普、甲骨文等全球顶级科技公司，海淀中关村虽然也培育出一批代表性企业，但显然还有很大差距。