河流自然缺陷 后期治理欠账
特殊的地理因素，后天的规划上的调整和污染，造成如今的沙井河。
宝安区环保水务局相关工作人员介绍，沙井河是雨源性河流，河道中的水源主要来源于雨水和排入的污水；沙井河最终流入茅洲河，属茅洲河的一级支流，排入珠江口的茅洲河因为是感潮河流，涨潮时，河水受海潮顶托，无法排出，两方面因素影响，沙井河“水体很少能获得交换、更新”。
不过，上世纪90年代的沙井河和茅洲河，水质一度能达到Ⅲ类。
1996年的一篇研究文章指出，茅洲河流域水质目标是Ⅲ类，在丰水期，茅洲河可向石岩水库供水。
随着沙井、松岗被规划为宝安区大工业区，茅洲河流域不再被列为二级水源保护区。2007年，深圳市水环境治理办公室相关负责人分析宝安区河流污染时指出三方面原因：原特区外河流治理欠账较多，特区外河道的建设与管理均缺乏资金与人员；沙井河沿线一些老村、松岗塘下涌等地居民侵占河道，河道两岸建筑林立，生活垃圾、污水直接入河；污水处理能力不足。
深圳河是深圳湾污染源之一，图为深圳河排污口情形。 绿源环保志愿者协会提供
圳痛之3
深圳湾
入湾河流和污水直排是深圳湾污染主力
2015年5月市两会期间，政协委员李毅“图文并茂炮轰”深圳湾污染。市委书记马兴瑞当场表示，自己也多次去过深圳湾调研，深圳湾是大自然创造的深圳湾，无论如何，花多大的代价，都要把深圳湾改造好，“我去监督这个工程”。
2015年6月，深晚记者兵分两路，两次徒步实地查看深圳湾沿岸近20公里污染情况。6月份回应深晚报道时，市水务局表示，深圳湾片区共有入湾排放口47个，当中16个有污水排出。而随着后海片区入住人口增多，污水排放量不断增加。针对该情况，马兴瑞和同行的市人居环境委、市水务局、市城管局、市水务集团等相关单位负责人现场办公。针对发现的问题逐一落实责任，研究解决对策，并提出具体整治要求。
半年时间，深圳湾污染状况明显改善，不过，由于历史欠账太多，即使遏制住污染物入海，情况依然不容乐观。