在拆除纪念馆周边乱搭建的铁皮棚时，遭遇到业主抵触的问题。领导小组及时召集相关单位到现场办公，由新区纪工委书记黄佳根主持，专程登门拜访业主，耐心向其申明提升整治工作的意义。要求相关部门妥善解决其合理诉求，从而取得群众的理解和支持，确保纪念馆外部环境整治工作如期完成。
“内外打造并举，全面提升档次”。坪山新区按照高品位、高标准、高质量的理念，投入资金近800万元，以推进“四个一”工程、创新内部陈列布局、提升外部景观环境为重点，对东纵纪念馆实施从内到外、从软件到硬件的全面提升整治。
大力推进“四个一”工程，即制作一首主题歌、出版一本宣传册、拍摄一部纪录片、布置一个实物展为核心内容，将抽象的“东纵精神”的精、气、神归纳出来，通过视、听、感三个层面有血有肉地展现，精心塑造东纵纪念馆“灵魂”，有力增强了整个展馆的魅力。
聘请中央电视台知名导演和制作团队拍摄了一部《东江纵队》纪录片，新区主要领导亲自参与审核把关。纪录片长15分钟，将图片和录影动静结合，全景式展现了东江纵队创建的历史背景、东江纵队的作战经历、东江纵队整编和队伍发展壮大、东江纵队的历史评价，展现了东江纵队英勇抗战、百折不挠、艰苦奋斗、廉洁爱民的“东纵精神”，带给观众极大的震撼，留下深刻的东纵记忆。
重新制作了东纵主题歌——《东江纵队之歌》，旋律激昂，歌词豪迈，将“东纵精神”进一步升华，以特效音响在纪念馆播放呈现，产生出荡气回肠的效果。并以东江纵队在抗战中的艰苦历程和光辉岁月为主要内容，集合东江纵队重大事件、重要组织、重要人物的图片资料，设计制作了一本宣传册，传承东纵文化，弘扬东纵精神。
新区从海内外广泛征集与东江纵队有关的重大事件、重要组织、重要人物的图片资料、文物、遗物等，还特意向部队申购退役武器装备65式双37毫米高炮两门，调整布置实物展，使东江纵队纪念馆的馆藏文物进一步得到充实。
在提升整治工作中，创新采用声、光、电等现代科技手段，将东江纵队的历史和功绩浓墨重彩地展示出来，让整个展馆一下变得鲜活起来。通过创新设计内部陈列展示，不断赋予东纵纪念馆“血肉”。
深圳东江纵队纪念馆是国内现有三个同一主题纪念馆中馆藏文物最齐全的，原先的一楼史迹展厅，展出的图片和展品比较混乱。为此，多次前往广州番禺等地反腐倡廉警示教育基地、惠州叶挺纪念馆等地学习取经，以东江纵队的发展历程为线索，对898件文物、1028件展品进行梳理，重新规划东江纵队纪念馆一楼展厅的图片以及展品，使得主题更加突出。
对纪念馆二楼闲置空间进行了大刀阔斧的改造，以声、光、电为辅助手段，全新开辟二楼场景展厅，增设雕塑展厅和多功能播放厅。
除了主馆，东江纵队纪念馆还拥有烈士名碑、曾生文物室、前进报社旧址（市级文物保护单位）、曾生祖居（区级文物保护单位）等宝贵资源。在提升整治工作中，新区充分挖掘和展示这些资源的教育元素，使其与纪念馆主馆相互映衬。对曾生祖居进行了修缮，复原和保持其原有的简陋陈设，再现了曾生将军简朴的生活作风，展示他廉洁奉公的良好形象，让参观者受到深刻的廉政教育。
与此同时，坪山新区着力提升外部景观环境，全面改造东纵纪念馆“外貌”。
重点改造纪念馆入口大门和围墙，采取“红旗迎风飘扬，万众一心”的设计理念，将飘扬的红旗和红色五角星作为大门的主元素，两侧为大鹏展翅的形象砖墙，墙面设有铜制浮雕，以东江纵队护送文化名人事件和东江纵队保家卫国、奋勇杀敌的场景为题材，展现军民鱼水情的关系。此外，还系统改造了纪念馆周边景观环境，完善了纪念馆配套设施。
如今，东江纵队纪念馆面貌焕然一新，其档次和品位都产生了质的飞跃，成为一个集教育、旅游、展示、研究为一体的红色文化和廉洁文化教育基地。